En una aldea secreta, un joven se oculta dentro de un manojo de hojas. Su nombre es Uzumaki Naruto, muchacho travieso que atiende a la academia de Ninja.

Diario, él hace travesuras e Iruka-sensei se enoja de sus acciones ya que es dudoso que Naruto se gradue de la academia. Pero Naruto tiene un ideal... Un sueño que, el cual es que él se hará el jefe de la aldea de Ninja, o mas bien dicho, Hokage, y con eso el se hará el mejor ninja de su aldea.
Sin embargo, todos los adultos en la aldea dan a Naruto miradas frías.

Porque Naruto tiene un secreto sobre su nacimiento, hace 12 años, "Kyuubi Youko" (El zorro de nueve colas) una clase de zorro gigante malvado que atormentó la aldea, fue sellado dentro del cuerpo de Naruto cuando el era un bebé. El jefe de la academia, Mizuki, utiliza a Naruto para robar el “Forbidden Scroll” y asi poder apoderarse de sus enseñanzas, sin embargo, al Naruto no darselo, Mizuki le dice el gran secreto que Naruto encierra...

Con la ayuda de Iruka, Naruto logra derrotar a Mizuki. Sabiendo el secreto de Naruto, Iruka sabe que Naruto hara todo lo posible para graduarse, y habiendo aprendido una de las técnicas secretas, logra graduarse como Ninja.. Ahora junto con sus compañeros de clase, Uchiha Sasuke y Haruno Sakura, hacen su primer paso como Ninjas.